ШУА-ийн төрөлжсөн академи болох Хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухааны академи нь 2009 оны 9 дүгээр сард ШУА-ийн их чуулганы шийдвэрээр байгуулагдаж, 2009 оны 10 дугаар сард Хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухааны академийн дүрмийг ШУА-ийн тэргүүлэгчдийн хурлаар хэлэлцэн баталсан. Хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухааны академийг зохион байгуулах анхны чуулганыг 2009 оны 10 дугаар сард зохион байгуулж, Хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухааны академийн гишүүдийг 25 эрдэмтэн, тэргүүлэгчдийг 11 эрдэмтний бүрэлдэхүүнтэйгээр баталж, Хөдөө аж ахуйн салбарын шинжлэх ухаан, дээд боловсролын байгууллагууд, тэдгээрийн орон нутаг дахь салбар, нэгжүүдийн эрдэм шинжилгээ, туршилт, зохион бүтээх, үйлдвэрлэлд нэвтрүүлэх үйл ажиллагааг нэгтгэн уялдуулан зохион байгуулах бүтцийг бүрдүүлэн ажиллаж байна. Хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухааны академи нь 27 гишүүнтэйгээр, дүрмийн хүрээнд үйл ажиллагаагаа явуулж, жилийн төлөвлөгөө гарган хэрэгжүүлж, Хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухааны академийн харьяанд Инновац, технологи дамжуулах төвийг байгуулан ажиллаж байна. Хөдөө аж ахуйн шинжлэх ухааны академи нь Монгол улсын хөдөөгийн хөгжил, хөдөө аж ахуй, байгаль орчны асуудлаар төр засгаас баримтлах бодлого, хууль тогтоомж, тэдгээрийг хэрэгжүүлэх арга замын шинжлэх ухааны үндэслэлийг боловсруулах, нийгэм, эдийн засгийн хөгжилд тус салбарын гүйцэтгэх үүргийг нэмэгдүүлэх, оюуны өндөр багтаамжтай экологийн цэвэр бүтээгдэхүүн үйлчилгээгээр улс орны хэрэгцээг хангах, эх орны экспортын нөөцийг нэмэгдүүлэхэд эрдэмтэн судлаачдын хүч, оюуны болон салбарын шинжлэх ухаанд зориулсан хөрөнгийн нөөцийг төвлөрүүлэхэд менежментийн дэмжлэг үзүүлэн ажиллаж байна. Түүнчлэн шинжлэх ухаанч санаачилга, оюуны чадавхыг өрнүүлэх, судалгааны тэргүүлэх чиглэлээр судалгааны төсөл, хөтөлбөр боловсруулах, хэрэгжилтийг хангахад эрдэмтэн, багш судлаачдын оролцоог нэмэгдүүлэх, академик эрх чөлөөг хангах, профессорын багуудын бүтээлч хамтын ажиллагааг хөгжүүлэх, гадаад, дотоодын хамтын ажиллагааг өргөжүүлж, судалгаа хөгжлийн асуудлыг зохицуулах, тэдгээрийн үр дүн, бүтээл туурвилд үнэлэлт, дүгнэлт өгөх, мэдээлэн сурталчлах, үйлдвэрлэлд нэвтрүүлэх технологи дамжуулах үйл ажиллагааг салбарын хэмжээнд зохицуулах чиг үүрэгтэйгээр ажиллаж байна.