Монголын анагаах ухааны академи (МАУА) нь 1997-2004 онд ШУА-ийн Анагаах ухааны бага чуулганы үүрэг гүйцэтгэж, 2004 оны 12 дугаар сард ШУА-ийн тэргүүлэгчдийн хурал, ШУА-ийн их чуулганаар тус тус хэлэлцэн Монголын Анагаах ухааны Академи байгуулахыг дэмжсэн шийдвэр гаргасан. 2005 оны 3 дугаар сард Монгол Улсын ШУА-ийн ерөнхийлөгчийн тушаалаар МАУА-ийн дүрмийг баталж, МАУА-ийн ерөнхийлөгчийг батламжилсан болно. МАУА-нь одоогоор 5 салбар зөвлөл, 43 гишүүнтэйгээр, МАУА-ийн дүрмийн хүрээнд үйл ажиллагаагаа явуулж, МАУА-ийн жилийн төлөвлөгөө гарган хэрэгжүүлж байна. МАУА нь Нийгмийн эрүүл мэндийн салбар, Эмнэл зүйн анагаахын салбар, Биоанагаахын салбар, Уламжлалт анагаах ухааны салбар, Эмзүй, эм судлалын салбар гэсэн 5 салбартайгаар үйл ажиллагаа явуулж байна. МАУА нь анагаах ухааны хөгжлийн тэргүүлэх чиглэл, тулгамдсан асуудлыг тодорхойлох, анагаах ухааны хөгжлийн санал, үндэслэл боловсруулах, анагаах ухааны салбарын чадавхыг бэхжүүлэх, судалгааны төслийг сонгон шалгаруулахад дүгнэлт гаргах, түүний явцад хяналт тавьж, үнэлгээ өгөх, гадаад, дотоодын төсөл хөтөлбөр хэрэгжүүлэх, эрдэм шинжилгээний боловсон хүчнийг хөгжүүлэх, гадаадын болон холбогдох мэргэжлийн академи, эрдэм шинжилгээний хүрээлэн, төв, их дээд сургууль, мэргэжлийн холбоо бусад байгууллагатай хамтын ажиллагааг хөгжүүлэхэд үйл ажиллагааг чиглүүлэн ажиллаж байна. Түүнчлэн Анагаах ухааны салбарт захиалгаар хэрэгжүүлэх төслийн сонгон шалгаруулалт, тус салбарт хэрэгжүүлсэн онолын суурь судалгааны төслийн үр дүнг хэлэлцэн дүгнэлт гаргах, анагаах ухааны эрдэм шинжилгээний ажлын арга зүйг хөгжүүлэх, боловсронгуй болгох "Монголын Анагаах Ухаан" сэтгүүлийг эрхлэн гаргах, МАУА-ийн гадаад харилцааг өргөжүүлэх, залуу судлаачид эрдэмтдийг хөхиүлэн дэмжих, шагнал урамшуулалд дэвшүүлэх санал дүгнэлт гаргах үйл ажиллагаа явуулж байна. МАУА-ийн чуулганы чөлөөт цагт МАУА-ийн өдөр тутмын үйл ажиллагааг ерөнхийлөгч, дэд ерөнхийлөгч, ерөнхий эрдэмтэн нарийн бичгийн дарга, тэргүүлэгч гишүүдээс бүрдсэн академийн тэргүүлэгчид удирддаг бөгөөд Академийн тэргүүлэгчид ажлын албаараа дамжуулан үйл ажиллагааг хэрэгжүүлж байна.