ШУА-ийн удирдах дээд байгууллага нь академийн бүх гишүүдийн чуулган юм. Их чуулган нь жилд хоёроос доошгүй удаа хуралдана. Үүнд:
- Шинжлэх ухаан, технологийг хөгжүүлэх бодлогын хэрэгжилт, эрдэм шинжилгээ судалгааны ажлын үр дүнг хэлэлцэж судалгааны тодорхой чиглэлийг хөгжүүлэхэд Засгийн газарт дэмжлэг үзүүлэх;
- Монгол улсын эдийн засаг, нийгмийн хөгжлийн байдалд үнэлэлт дүгнэлт өгөх, зөвлөмж гаргаж, Улсын Их Хурал, Ерөнхийлөгч, Засгийн газарт өргөн барих;
- ШУА-ийн эрдэм шинжилгээ үйл ажиллагааны тайланг хэлэлцэх;
- Академийн ерөнхийлөгч, дэд ерөнхийлөгч, тэргүүлэгчид, эрдэмтэн нарийн бичгийн даргыг 4 жилийн хугацаагаар сонгох болон хуулиар заагдсан бусад асуудлыг хэлэлцэн шийдвэрлэж байна.
ШУА-ийн гишүүнийг сонгох асуудлыг ШУА-ийн гишүүнийг сонгох журмын дагуу зохион байгуулж, их чуулганаар хэлэлцэж шийдвэрлэдэг. ШУА-ийн гишүүний 2017 оны ээлжит сонгуулийн мэдээгээр 3 эрдэмтэн шинээр сонгогдон, Монгол Улсын Ерөнхийлөгчөөс “Академич” хэргэм хүртэв.Энэ удаагийн сонгуульд эрдэм шинжилгээний байгууллага, их дээд сургуулийн Эрдмийн зөвлөлөөс нийт 34 эрдэмтнийг нэр дэвшүүлсэн байна. ШУА-ийн жинхэнэ гишүүн, 58 академичийн 46% нь ШУА-д, 34% нь их, дээд сургуульд, 20% нь бусад салбарт ажиллаж байна.
