ШУА-ийн төрөлжсөн академиуд нь Монгол Улсын Шинжлэх ухаан технологийн тухай хууль, ШУА-ийн Эрх зүйн байдлын тухай хууль болон бусад холбогдох хууль, тогтоол, журам, төрөлжсөн академиудын дүрмийн хүрээнд үйл ажиллагаа явуулж байна. ШУА-ийн бүтцэд Монголын Анагаах ухааны Академи, Хөдөө Аж Ахуйн Шинжлэх ухааны Академи нэртэй 2 төрөлжсөн академи үйл ажиллагаа явуулан ажиллаж байна.
